기존에는 비거주자의 계좌에서 금융소득이 발생했을 때 특별한 서류를 작성하지 않아도 조세조약상의 제한세율로 세금을 냈지만, 앞으로는 제한세율 적용신청서를 제출해야만 제한세율을 적용받을 수 있다. 이는 2012년 7월 1일부터 시행되는 원천징수절차 특례제도의 도입에 따른 것으로, 2012년 7월 1일 이후 비거주자ㆍ외국법인이 지급받는 이자, 배당, 사용료 등 국내원천소득에 대해 조세조약상 제한세율을 적용받으려면 제한세율 적용신청서를 소득지급자에게 제출하여야 한다. 제한세율을 적용받는 구체적인 적용방법은 다음과 같다.

(1) 제한세율 적용신청서 제출(실질귀속자 → 원천징수의무자)

국내원천소득의 실질적 귀속자인 외국법인 또는 비거주자(이하 ‘실질귀속자’)는 ‘제한세율 적용신청서’를 국내원천소득을 지급받기 전까지 원천징수의무자에게 제출하여야 한다. 실질귀속자가 제출한 ‘제한세율 적용신청서’는 최초로 제출된 날로부터 3년 내에는 다시 제출하지 아니할 수 있으며,그 내용에 변동이 있는 경우에는 변동사유가 발생한 날 이후 최초로 국내원천소득을 지급받기 전까지 다시 제출하여야 한다.

(2) 원천징수의무자의 제한세율 적용방법

원천징수의무자는 ‘제한세율 적용신청서’에 기재된 실질귀속자의 거주지국 정보와 제한세율의 적정여부를 확인하여 제한세율을 적용한다. 원천징수의무자는 제출된 제한세율 적용신청서에 기재된 내용에 대하여 보완요구를 할 수 있으며 신청인이 이에 응하지 않는 경우 제한세율 적용을 배제할 수 있다.

(3) 기타 고려 사항

이전에 개설한 계좌의 경우에도 2012년 7월 1일 이후 제한세율 적용을 위해서는 제한세율 적용신청서 등을 제출 하여야 한다. 제한세율적용신청서는 원칙적으로 원본을 접수하여야 하나, 원본 접수가 곤란한 경우 e-mail, 팩스 등을 통한 사본접수도 가능하다. 제한세율 적용신청서 등 관련 서식의 영문본은 국세청 홈페이지에 게시된 관련 영문서식(참고용)을 이용하여 작성 가능하다.